洪武大帝
蒙古铁骑入主中原，宋太祖赵匡胤建立的宋朝灭亡。异族为稳定政权，将自周武王姬发开始，传承千载的历朝天子武学、神兵——天剑、天晶、浑天宝鉴、雷刀、如来神掌、佛兵等尽数毁灭。各大武林派宜惨遭肃清，种种武功、玄学纷纷失传，中原武林进入了史上最黑暗的年代。光阴匆匆，转眼间元朝已立国近百载。惟末代国君无能失政，蒙古天下气数以尽。各方汉人义军，乘势起事；新兴的武林教派——明教、白莲教均图谋逐鹿中原…… 在此乱世之中，未来的新天子昂然出世，他，名叫——朱元璋。元朝末年，蒙古昏君无能腐败，天灾人祸，令千万百姓死于饥荒。侥幸没饿死的贫农子弟朱重八，从没想到，自己竟有能力推翻暴政，拯救万民，建立——大明王朝。
皇觉寺风云
朱元璋贫苦出身，父母早亡，年轻时因缘际会与“神棍”刘基（刘伯温）成为莫逆之交，同时失去了恋人巧巧，与元廷亲王罕雷结下了仇恨。之后受“军”前辈指点在黄觉寺修行，与蒙古十三翼之“箭神”哲别光明磊落的比拼箭术且胜利，后又和托雷与毒王·札木合等高手一一交手各领风骚。朱元璋以救世主的形象守护皇觉寺，为众人解毒，酣战群雄，虽然最后被韩山童重伤昏迷，但他仍不可否认的达到个人实力初期顶峰，并以一人之力将皇觉寺的劣势扭转过来。
濠州进军
相比皇觉寺的精彩打斗，濠州进军主要是介绍各人物间短兵相接的场景以及错综复杂的人物关系。例如，十三翼之一赤老温单恋帖木儿为爱而死的性格，文天祥创造的天祥五灵使得军前辈知道了自己的前世今生。另一方面虽然是濠州进军，但是围绕着玄馆之争的战斗也已经开始，由于铁木真过于强悍，除了日阳君与韩山童可以和其一战外，其他人物基本无法与之抗衡，故漫画中主要介绍了铁木真被关入玄馆后十三翼其他成员及汉军各人物的发展。由于韩山童将朱元璋打伤，并让其实力大降，义帅杀手“百颜”也借势前来刺杀，如此危急形势下朱元璋不得不和白莲天女·马秀英，等人联手合作应付到来的危机，也因此和马秀英产生了男女之情，最终联手击败了“百颜”朱元璋也逐渐恢复了实力。
玄馆之争
三大汉族势力，白莲教，日月二宗都决心反元，朱元璋在其中的影响力也越来越大。与此同时韩山童与军之间也展开了一场恶战，翻天的海浪，破坏的巨大沉船都展露出韩山童与军惊人的战斗力，但太极玄馆的出现使得军猝不及防惨被冰封，韩山童也因附体的侍女快将死亡无法击杀军，由此作罢，军的离开也为之后的剧情埋下了伏笔。新角色的不断出现将整个故事带上高潮，奸臣李善长，丐帮十二生肖，徐达，常遇春，汤和，歌姬拉琪，万象真藏，武神战器。
白莲大战
由于朱元璋受韩山童造成的伤患的困扰，应付实力并不是很强的丐帮十二生肖都很费劲，莫要说和实力更强的十三翼开打了。还好在马秀英等人的帮助下，伤势逐渐缓解并再度和哲别相遇，此前已连败二次的他再一次击败了哲别，并要将其斩杀之时，神秘大鹰及时出现救了哲别，其背后的神秘人也强势登场，人称最强替补的他接连击败众多高手。至于白莲教主韩山童则又展开一次玄馆争夺战，这次有日阳君加入，使得十三翼节节败退，而且只有毒王能勉强应对，情况十分危机，韩山童则认为十三翼已无法抵抗，轻敌之下被毒王札木合使用禁招重伤，不得不退回总坛，毒王札木合也暂时夺回玄馆，并结束了这场大战。
黄河起义
白莲教，日月两宗在韩山童，日阳君，朱元璋的联合下结成同盟，并在黄河埋下石人，暗示“石人一双眼，挑动黄河天下反”，团结汉族势力在黄河起义。同时日阳君欲夺回宗主地位，弟子徐达，义子朱元璋鼎立相助，刘伯温也在黄河起义中发挥了自己诸葛在世的能力，军的身份竟为武当张三丰，其武当七侠在剧情中也影响到了朱元璋等人。最后白莲教，日宗，月宗兵分三路出击，分别和陈友谅，张士诚，十三翼等势力展开惊天决战，最终获胜，朱元璋经过一系列艰苦的挑战也获得了宋帝昺的认可并成功将元朝暴政推翻称帝建立了被世人所敬畏的“大明王朝”。
